富集分析结果怎么画？四类常用图表一次讲清

做完差异分析拿到一张通路富集结果表接下来最头疼的问题往往是这堆数据到底该画成什么图柱状图、气泡图、富集词条热图各适合展示什么数据表要准备几列参数面板里每个选项又该怎么选这篇文章把富集分析最常用的四种图讲清楚各自适合什么场景、数据怎么准备、参数怎么调、结果怎么看。柱状图看概览——快速展示Top10/Top20显著通路。因子图看显著性——一张图同时呈现富集程度、基因数量和p值。多组因子图看差异——对比同一通路在不同比较组间的活跃变化。富集词条热图看表达——锁定关键通路后看通路内基因在各样本中的表达分布。一、富集柱状图快速概览Top通路核心用途用于展示通路或功能富集分析的显著性得分帮助快速识别关键通路。柱状图视觉表达清晰特别适合展示显著性排名前10或前20的富集通路。条目太多图会挤读者也抓不住重点。如何看图如何看图先看谁最长。横坐标是 -log10(pvalue)取了对数之后p值越小数值越大柱子越长。最长的那条就是最显著的通路。再看颜色颜色按通路的分类上色一眼能看出显著通路集中在哪个大类。颜色设置颜色可以表示通路类别也可以表示某项数值。读图时先看图例若颜色代表BP、CC、MF等类别它用于区分条目类型若颜色代表P值、基因数或富集因子则应按对应色标理解不能预设红色一定代表更显著。排序依据柱子可按默认排序、显著性、Number、Rich factor排列。默认按显著性排条长整体递减最长的就是最显著的通路。如果研究关注基因数量而非显著性可以切成Number想同时考虑注释基因数和背景基因总数就选Rich factor。坐标轴设置X轴刻度显示不全时把X轴最大值手动调大设成比最长柱子对应数值更大的数让柱子和右边界之间留出空间刻度就能完整显示。数据要求表头至少要有这几列顺序有讲究第一列通路名称。第二列通路的分类。第三列注释到通路的基因数量如差异基因数量。第四列注释到通路的基因总数。第五列通路富集的显著性可以是p值也可以是adjp值。第六列富集因子Rich factor值等于Number除以TotalNumber和Total有数值即可自动计算。第2到第6列的顺序不能改软件按列位读取。没有对应值的列留空但图表调整里不要选那个空值对应的选项。二、富集分析因子图一图看全富集程度、基因数和显著性核心用途Y轴为通路名称X轴显示富集因子Rich factorDEG / Total气泡大小代表通路里注释到的基因数量气泡颜色代表通路富集的显著性。如何看图以下方图片为例子优先关注X轴数值大、气泡大、颜色红的通路。Rich factor越大富集程度越高气泡越大富集到该通路的差异基因越多颜色越红p值越小结果越显著。三个维度同时指向的通路就是实验处理下最核心的差异调控通路。数据要求第一列通路名称。第二列通路注释到基因/蛋白等数量如差异基因数量。第三列基因组里所有基因/蛋白等注释到此通路的总数。第四列通路富集的显著性pvalue和adjp按需上传一项。图表调整点的大小支持设置因子图中最大点和最小点的显示范围优化在不同数据密度下的视觉呈现效果。还可以给点添加边框视觉上小的点也能被清晰地看到。三、多组富集因子图对比不同样本间的功能差异核心用途对比多组样本间的功能富集差异及通路的活跃程度。单组因子图回答“哪些通路显著”多组因子图回答“这些通路在不同组之间有什么差异”。如何看图横向对比同一通路在不同比较组中的气泡大小和颜色。如果某个通路在A组中气泡大且颜色红在B组中气泡小且颜色偏蓝说明该通路在A组中被显著激活。注意每个点代表一个富集条目每一列是一组基因的富集结果横轴的分组标签要看清。数据要求第一列比较组。第二列通路名称GO term / KEGG pathway。第三列气泡大小的指标如注释到通路的差异基因数量、Rich factor等。第四列通路富集的显著性p值或校正后的p值。图表调整点的大小支持设置因子图中最大点和最小点的显示范围优化在不同数据密度下的视觉呈现效果。图形样式提供丰富的样式选项包括添加网格线、进行-log10处理、添加边框等满足个性化展示需求。四、转录组富集词条热图展示通路中基因的表达分布核心用途展示不同样本在前几名富集通路中的基因表达分布。它把“通路富集”和“基因表达”两层信息叠在一起哪些通路显著富集以及这些通路里的基因在不同样本中是怎么表达的。如何看图行是基因列是样本颜色深浅代表表达量高低。结合左侧的通路注释和上方的样本分组标签可以快速判断某个富集通路里的基因是在处理组中整体上调还是在对照组中高表达。如果一条通路里的基因呈现一致的表达模式同红或同蓝说明该通路可能被协调调控。基因聚类支持8种不同的整体聚类方法和6种不同的距离计算方法可按需调整基因的表达模式聚类方式。默认参数通常够用如果聚类结果不理想再换算法。组合种类繁多下图只做示例。基因分块可合理调整基因的分块数目并切换不同的分块算法。分块越多每块包含的基因越少适合聚焦特定表达模式。富集类型与设置支持选择KEGG富集分析或GO富集分析。选KEGG时可下拉设置不同物种的数据库灵活适配不同研究物种。富集设置支持精细化调整词条框的宽度、词条数量及词条间隙优化词条热图的布局与可读性。据要求表达矩阵表一筛选的基因例如比较组差异基因、所有比较组差异基因并集等有表头列为样品行为筛选的基因FPKM表达量分组文件表二第一列是样品第二列为样品的分组注释文件表三第一列是基因组所有基因第二列为GO注释第三列为KEGG注释一个基因有多个注释的时候用英文“;”去分割没有注释为“-”。另外「你提的建议我们真改了」活动火热进行中 欢迎大家畅所欲言好建议一经采纳精美礼品马上安排https://mp.weixin.qq.com/s/zIvFthLvQQMLtXgREKBTcghttps://mp.weixin.qq.com/s/zIvFthLvQQMLtXgREKBTcg进入派森诺基因云依次打开「云图汇」—「新版云工具 beta」—图表总览搜索图表名称并上传数据即可出图。部分云分析结果支持「AI解读」功能若遇到个性化需求或疑难问题欢迎随时通过【问题反馈】联系我们。百度搜索“派森诺基因云”或访问官网 派森诺基因云 专注生物大数据分析及可视化 开启分析之旅